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如果收到交通银行的短信通知，告知存入5万元，可以按照以下步骤处理。
1、核实短信真实性：确保短信确实来自交通银行，避免是诈骗信息，可以联系交通银行的客服电话或前往银行柜台进行确认。
2、检查账户余额：登录交通银行网上银行或手机银行，查看账户余额，确认是否有这笔款项存入。
3、了解存款来源：如果确认有这笔款项存入，需要弄清楚这笔钱的来源，是他人转账还是银行错误存入，需要仔细核对账户信息和交易记录。
4、咨询银行客服：如有任何疑问或需要了解更多信息，可以拨打交通银行的客服电话进行咨询。
5、处理方式：
如果是他人转账错误存入，需要与对方联系并核对账户信息，以便正确处理这笔款项。
如果是银行错误存入，需要告知银行，以便银行能够正确处理这笔款项，并避免可能的纠纷。
如果是自己存入的款项，那么可以继续保留在账户中，或者进行其他操作，如转账、取款等。
收到此类短信后，最重要的是先核实信息的真实性，然后仔细核对账户信息和交易记录，再根据具体情况采取相应的处理方式，在处理过程中，如有任何疑问，都可以联系交通银行的客服进行咨询。